Hakuouki racconta la storia di Chizuru Yukimura , una giovane ragazza che vive ad Edo col padre Kodou Yukimura. Chiamato dal Bakufu per raggiungere Kyoto e mettere al servizio dello Shogunato le sue conoscenze mediche. Inizialmente Chizuru riceverà periodicamente lettere dal padre, cosa che la faceva stare tranquilla finchè le missive si interrupero e lei, preocupata, decise di partire alla ricerca del padre. Sapendo che era diretto a Kyoto anche Chizuru raggiunge la cittadina travestendosi da maschio, in modo da poter avere meno problemi possibili. Qui, in una notte nevosa, sta per essere attaccata da un paio di uomini dai capelli bianchi ma viene salvata da alcuni samurai con le divise azzurre che uccidono con facilità i suoi aggressori. Gli uomini la portano con se, come prigioniera, nella sede della Shinsengumi e quando scoprono che lei è la figlia di Kodou Yukimura la tengono con se poichè anche loro sono alla ricerca del dottore, disperso in un incendio tempo addietro. Chizuru decide di rimanere alla shinsengumi, affidare la ricerca del padre ai suoi membri e di dedicarsi alla cura dei Samurai.
In realtà lei non ha molte altre scelte in quando è stata testimone di uno dei segreti della Shinsengumi: i Rasetsu , uomini che, doppo aver bevuto una medicina inventata dal padre, impazziscono e incominciano a bere il sangue delle persone.